COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.866427
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.894372
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.918468
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.950846
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.105184 2.000152
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.062061
2021-06-22 17:00:00 1.718991 1.718991 2.104024

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.404858 0.404858 1.764332
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 1.756253
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.629992 1.818651
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.819239
2021-06-24 17:00:00 3.956479 3.956479 1.837002
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 1.876921
2021-06-22 17:00:00 1.160714 1.160714 1.913407

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.772032
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 5.259283
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.701940 5.297355
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.345600
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 5.629592
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 5.773138
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.490501 6.028398

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.718258
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.755404
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.941227
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 2.053324
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.155985
2021-06-23 17:00:00 2.626421 2.626421 2.253296
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.299899

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 6.434316 3.342618 6.506753
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 6.778520
2021-06-26 17:00:00 6.036122 6.036122 6.924270
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 6.931928
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.138035
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 7.537074
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 7.942447

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 8.755130 8.755130 4.841251
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.858166
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.917036
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.901910
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.980401
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.952773
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.819708

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.826446 1.341736
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.290044
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.329601 1.286545
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.318405
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.437835 1.348715
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.401559
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.406226

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 3.354839 1.647394 2.645479
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.643925
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.649179
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.751591
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.786943
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.863426
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.906299

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.261307 0.764813
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.765521
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.825665
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.872823
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.817996 0.928013
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.807754 0.999588
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.025302

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.075599 1.044831
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.053159
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.804308 1.080435
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.075678
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.114735
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.169860
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.207523

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.336134 1.255568
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.292969
2021-06-26 17:00:00 0.563698 1.465614 1.317486
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.401598
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.451192
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.522821
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.558112

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.740121
2021-06-27 17:00:00 2.015677 1.036269 0.864849
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.929220
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 1.059183
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.108218
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.121684
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.221160

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 3.191489 3.191489 3.305402
2021-06-27 17:00:00 1.041667 4.166667 3.382841
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 3.430484
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.555012
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.575750
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 3.647329
2021-06-22 17:00:00 1.587302 1.587302 3.742649

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.177936 0.608935
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.621641
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.656980
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.705075
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.775048
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.789711
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.830924

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.504505 1.279279 0.908797
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.900546
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.831181 0.894919
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.897245
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.924349
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 0.955262
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 0.988625

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 3.094709
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.233713
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.376300
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.535128
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.699802
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 3.924992
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.266856

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.157729 0.733350
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.726525
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.717425
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.697943
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.657378
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.678838
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.227964 0.700741

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.978748
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 3.071018
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.152262
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.259266
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.378641
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.393447
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.435054

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.784500 1.014333
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 1.034370
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 1.054458
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.075060
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.085049
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.140324
2021-06-22 17:00:00 0.519967 0.519967 1.157965

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.979264
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 2.058864
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 2.091642
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.172625
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.301929
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.488372 2.349762
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.454945

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.810018
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 0.931839
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.018343
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.083074
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.196780
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.250267
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.336246

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-28 17:00:00 2.642008 2.642008 2.475185
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.451352
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.505426
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.582623
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.627979
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.715061
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 2.823509

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 0.404858 0.404858 1.764332
Basilicata 0.000000 0.000000 4.772032
Calabria 0.724638 0.724638 1.718258
Campania 6.434316 3.342618 6.506753
Emilia-Romagna 8.755130 8.755130 4.841251
Friuli Venezia Giulia 0.826446 0.826446 1.341736
Lazio 3.354839 1.647394 2.645479
Liguria 0.000000 2.261307 0.764813
Lombardia 0.810002 1.075599 1.044831
Marche 0.840336 0.336134 1.255568
Molise 0.000000 0.000000 0.740121
P.A. Bolzano 3.191489 3.191489 3.305402
P.A. Trento 0.512821 0.177936 0.608935
Piemonte 0.504505 1.279279 0.908797
Puglia 0.726392 0.726392 3.094709
Sardegna 0.157729 0.157729 0.733350
Sicilia 2.615193 2.615193 2.978748
Toscana 1.786681 0.784500 1.014333
Umbria 0.000000 0.000000 1.979264
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.810018
Veneto 2.642008 2.642008 2.475185

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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